早於1920年，在大澳有一個天主教團體；約於1923年有一間小教堂在此位置建成，但當時並未成立小堂。後來此建築物被颱風摧毀，於1937年重建，正式成為教堂，並定名為永助聖母堂，屬於長洲花地瑪聖母堂管理，Rev. BRUZZONE, Edmondo PIME (潘崇理神父) 服務該小堂直至 1941年。
於1952年6月11日在大澳新的教堂被祝聖，Fr. Nicola Ruggiero PIME 是教堂的住持。於1965年，大澳教堂與長洲教堂分拆，屬於獨立的區域；而1979年7月1日永助聖母堂正式成為一個獨立的堂區，住在大澳的神父同時要照顧梅窩的彌撒中心。至1980年9月8日大澳教堂又歸回梅窩教堂的範圍除了宗座外方傳教修會外(PIME)，聖母獻主會（OMI）及聖言會（SVD）的神父也先後服務大嶼山的天主教團體。
自2015年11月１日聖母聖心愛子會的傳教神父承擔了大澳天主教團體的牧民工作後，大澳小堂每星期六上午 10 時都會舉行感恩祭，同時每星期二並有聖言分享聚會。